祁正卫表示，京杭大运河是世界上开凿时间最早、线路最长的运河。鉴于运河在南北交通中发挥着巨大作用，历朝历代都重视延伸运河、保护运河。新中国成立后，京杭运河的主要功能是航运，保证南粮北调、北煤南运，同时发展灌溉。自２００２年确定京杭大运河实施南水北调东线工程后，大运河的主要功能是向我国北方调水。

　　为使南水北调工程成为中国南北长距离的优化水资源配置工程，确保东线工程实施后到２００８年长江水达到东平湖后的水体水质达到国家规定的三类水标准，必须全面治理沿运河的污染企业，维护京杭大运河的健康生命。

　　祁正卫认为，应坚决关停沿运河的小化工、小造纸、小电镀企业；对沿运河城市的供排水实行清污分流，生活污水集中治理，达标排放；建设沿运河的湿地，净化向运河排放的水体；加强沿运河开发的规划，考虑运河水资源的承载能力和水环境的承载能力。