次年，由于陈水扁当局仍坚持不合理限制，春节包机未能实施。

　　２００５年，两岸航空公司共同参与了第二次春节包机，航班实现双向对飞，不必降落港澳但须绕经香港飞行情报区，大陆航点新增北京、广州。

　　２００６年，春节包机搭乘对象由台商及眷属扩大至所有持合法有效证件往返两岸的台湾居民，大陆航点新增厦门。

　　２００６年上半年，海峡两岸航空运输交流委员会与台北市航空运输商业同业公会达成共识并做出框架性安排，将春节包机扩大到春节、清明、端午、中秋四大传统节日。尽管两岸客运包机有所扩大，但两岸同胞特别是广大台胞期待并一再呼吁尽快实现两岸客运包机周末化、常态化和货运包机便捷化，以至最终实现两岸直接、双向、全面的空中通航。

　　此后，两岸民间航空行业组织就客运包机周末化、常态化以及货运便捷化的技术性、业务性问题进行过多次沟通协商。

　　２００８年６月，海峡两岸关系协会会长陈云林与海峡交流基金会董事长江丙坤在北京签署《海峡两岸包机会谈纪要》。根据纪要附件，两岸周末包机从７月４日起正式实施。

　　１１月４日，两会在台北签署《海峡两岸空运协议》，双方同意将在原有周末包机的基础上，增加包机航点、班次，调整为客运包机常态化安排。春节期间可视情况适量增加临时包机。