２００３年６月，国务院决定在浙江等８个省份实施农村信用 社改革试点。２００４年８月，改革试点范围扩大至其他２１个省份。２００６年底，农村信用社改革试点在全国全面推开。

　　央行指出，改革过程中，国家在资金、财税、利率等多方面给予政策扶持，农村信用社历史包袱得到有效化解，资产质量不断改善，截至２００７年末，按四级分类口径统计，全国农村信用社不良贷款比例为９．３％，与２００２年末相比下降了约２８个百分点；在资本充足率方面，农村信用社、农村合作银行和农村商业银行分别达１３％、１４．１％和１３．３％，而２００２年末，全国农村信用社资本充足率仅为－８．４５％。

　　截至２００７年末，农村信用社农业贷款余额１．４３万亿元，占其各项贷款的比例由２００２年末的４０％提高到４６％；占全国金融机构农业贷款的比例由２００２年末的８１％提高到９３％。

　　产权制度和管理体制改革是农村信用社改革的重点。改革产权制度，是要明晰产权关系，完善法人治理结构，转换经营机制；改革管理体制，是将农村信用社的管理交由省级政府负责。

　　改革以来，各地农村信用社根据实际情况分别实施股份制、股份合作制、合作制等各种产权制度，组建农村商业银行、农村合作银行、以县（市）为单位统一法人社，以及县（市）辖域内两级法人社等多种组织形式。

　　２００７年末，全国共组建农村商业银行１７家，农村合作银行１１３家，组建以县（市）为单位的统一法人社１８２４家。同时，农村信用社监督、管理框架基本建立，省级政府、省联社和监管机构的职责分工初步形成。